上限設定金額以上の金額で入札され、落札者になってしまいました。

Yahooの商品ページの価格表示は「税込」なのですが、
実際に入札する際に指定する価格(YahooオークションでもBidMachineでも)は「税抜」です。
(以前は、商品ページも税抜き表記でしたが、最近のYahooオークションの仕様変更で、商品ページだけ税込表記に変わったようです。)

お手数ですが、出品者が「ストア」の場合は、＋税を考慮して入札額を指定してください。
BidMachine上での表記は今後修正する可能性があります。

これ、高額な商品への入札時には万単位で変わってきますよね。

仕様変更したyahooには厳重に抗議しますが、この祖父IT路でもトラブルにならぬよう、仕様変更されることを強く望みます。